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「本能寺の変」の真相を語るとき、しばしば話題の中心になるのは「黒幕説」である。
明智光秀は名門土岐氏の出身で幕府に仕えたこともあるため保守的な人物であり、織田信長のような革命的大人物を殺せるような器はないに違いない、というすっかり定着はしたけれど実は根拠がほとんどないイメージに基づき、「光秀のような凡人に信長殺害を唆した何者かがいたに違いない」と語られるようになったのだ。
では、誰が黒幕（あるいはその人や組織のために光秀が信長を殺そうと決意した人物）と考えられるのだろうか。
いちばんメジャーなのは羽柴秀吉であろう。何しろ本能寺の変でもっとも運命がいい方向に変わったのは彼だ。そのままなら天下人の重臣で終わるはずだった秀吉は、光秀を討つことで信長の実質的な後継者となることができた。ここから「いちばん利益を得た人間が黒幕」という陰謀論の定番的思考法により、秀吉が光秀を唆したのちに自分で仇討ちをしたマッチポンプ的黒幕として注目されるわけだ。また、秀吉がいわゆる「中国大返し」でおそるべき速度で中国地方から戻ってきたのを、「あらかじめ知っていたからだ」と理屈付けられるのもこの説の強いところだ。
しかしこの説はすべてが終わった今だからこそ「壮大な陰謀だ」と評価できるが、当時の秀吉の立場で決断できたとはとても思えない。もし毛利氏が撤退する秀吉の背中を攻撃したら？ 他の武将が先に畿内へ戻ったら？ なんらかの妨害で到着が遅れたら？ 下手をするとライバルである光秀を喜ばせて終わりになりかねない。
また、中国大返しも近年研究が進んで現実にあり得るものと考えられるようになっており、陰謀論が入る隙間はなさそうだ。
最近盛り上がっているのは徳川家康が関与したとされる説だ。
それも単に黒幕をつとめたのではなく、「信長は家康をおびき寄せて殺そうとしていた。その実行役として光秀が命令を受けていたが、光秀はむしろ家康と手を組んで信長を殺してしまった」というものだ。
数年前の大河ドラマ『おんな城主直虎』でも同種の展開が出てきた（ただしそこでは、実際のところそのような陰謀は存在しなかった、という展開であったが）ので覚えている人も多いかもしれない。おもしろい説だがあまりにも綱渡り的で、とても実際にこのような陰謀がたくらまれたとは信じがたい。
ちなみに、家康が「本能寺の変」の黒幕や関係者として語られる説や物語ではしばしば天海という僧侶が登場する。実はこの天海こそが生きていた明智光秀だ……というのである。もちろん、信用できる根拠は、ない。
