天主台跡のすぐ下にある広い場所が本丸跡（本丸御殿跡）です。
太田牛一の『信長公記』によれば、本丸御殿には天皇を招き入れる「御幸の間」があったと記載されています。
その後の調査で慶長年間に改修された京都御所内にある天皇の住居である清涼殿と酷似した構造になっていたことが判明しました。
また礎石上の柱痕からこの建物が高床式であったこと、周囲の伝三の丸跡や天主取付台と渡り廊下でつながっていたことなどが明らかになりました。
本丸跡（ほんまるあと）
天主台（てんしゅだい）を眼前に仰ぐこの場所は千畳敷（せんじょうじき）と呼ばれ、安土城本丸御殿の跡と伝えられてきました。東西約50ｍ、南北約34ｍの東西に細長い敷地は、三方を天主台・本丸帯郭（おびぐるわ）・三の丸の各石垣で囲まれ、南北に向かってのみ展望が開けています。昭和16年と平成11年の二度にわたる発掘調査の結果、東西約34ｍｘ南北約24ｍの範囲で碁盤目状に配置された119個の建物礎石（そせき）が発見されました。7尺2寸（約2.18ｍ）の間隔で整然と配置された自然石の大きな礎石には焼損の跡が認められ、一辺約1尺2寸（約36cm）の柱跡が残るものもありました。4～6寸（12～18cm）の柱を6尺5寸（約1.97ｍ）間隔で立てる当時の武家住宅に比べて、本丸建物の規模と構造の特異性がうかがえます。
礎石の配列状況から、中庭をはさんで3棟に分かれると考えられるこの建物は、天皇の住まいである内裏清涼殿（だいりせいりょうでん）と非常によく似ていることが分かりました。豊臣秀吉が天正19年（1591）に造営した内裏の清涼殿等を参考にして復原したのが右の図です。西方の清涼殿風の建物は、密に建ち並んだ太くて高い床束（ゆかづか）が一階の床を支える高床（たかゆか）構造の建物であったと考えられます。大手道を行く人々は、天主脇にそそり立つその姿を正面に仰ぎ見ながら登ったことでしょう。
なぜ、安土城天主の直下に清涼殿に酷似した建物が建てられていたのでしょうか。『信長公記（しんちょうこうき）』には天主近くに「一天（いってん）の君（きみ）・万乗（ばんじょう）の主（ぬし）の御座御殿（ござごてん）」である「御幸（みゆき）の御間（おんま）」と呼ばれる建物があり、内に「皇居（こうきょ）の間（ま）」が設けられていたことを記しています。信長の二度にわたる安土城への天皇行幸計画は実現しませんでしたが、この本丸建物こそ、天皇行幸のために信長が用意した行幸御殿（ぎょうこうごてん）だったのではないでしょうか。
左に見えるのが天主台の石垣です。
奥には天主台へのぼるための石段があります。
