吉田城は大規模な城郭ではありますが大半は土塁で、石垣が築かれているのは本丸周辺のみとなっています。
その本丸で使われている石垣には名古屋城の天下普請で余った石材が使われているとされ、刻印が入った石（石垣刻印）があります。
冠木門跡にある案内板に主な石垣刻印の場所が示されています。
残念ながら風化して消えかけているものが多く、すべてを見つけられなかったのですが、確認できたものを以下に紹介します。
辰巳櫓跡にのぼる階段にある刻印です。
（地図では【7】の位置）
辰巳櫓跡の下にある石垣です。
（地図では【6】の位置）
鉄櫓のそばにある内枡形虎口の石垣です。
（地図では【3】の位置）
豊川沿いに出て、入道櫓跡の下にある石垣です。
（地図では【5】の位置）
なお、名古屋城築城時の石材を転用しているという説に対し、名古屋城にはない刻印が見られることから、別の可能性も指摘されています。
