私は下から徒歩で攻城する派ですが、本丸すぐ近くの出丸まで車で行くこともできます。
ただ、本丸の六段壁はもちろんですが、三重櫓跡や畳橋跡は再現CGも含めてとても見応えがありますので、車で行くとしても、せめてそこまでは見られるのをオススメします。

米蔵跡からいける搦手側は比較的急坂ですが階段で登れ、道中も自然を感じられます。
大手と搦手の両方を通りたい場合、搦手は登りで選択される方が良いと思います。
また、東腰曲輪から左近屋敷跡に繋がる道は通行禁止になっていました。

函館空港からも充分徒歩で行けます。景色も良く、函館山の見えます。

五稜郭タワーや奉行所ももちろん良いですが、土塁の上に登ってぐるっと一周するのがおすすめです。堀側まで降りられるところもありますし、全体像がよく分かります。

本丸の展示物もさることながら、城好きなら本丸北から西にかけての石垣は見てほしい。欲を言えば、自性寺周辺のおかこい山、渡守口の石垣まで足を伸ばしてほしい。

大野城に行かれる際にはお立ち寄りを。太宰府政庁跡や水城も上から見ることができます。