①彦根城
②安土城
③小谷城

滋賀県で攻城した事があるのは彦根城だけなのですが、ここは外せないと思います。
安土城と小谷城は、信長と浅井長政が好きだからです。

①小田原城
②小机城
③石垣山城

この3つで決まりでしょうか。

会津若松城、白河小峰城、二本松城

知名度などからしてこの3城になると思います。
会津若松城は中学生の時以来行って無いので、また行きたいと思います。

熊本県の城は熊本城しか行った事が無いのですが、熊本城は外せないですね。10年位前に行った時は、まだ工事中でした。再び訪れたのは震災翌年なので、完全な状態で熊本城を見た事がありません。
熊本城の復興を祈っています。
残り2つは人吉城と八代城になると思います。

地元の深谷城！と言いたい所ですが。現実的には、
①忍城
②鉢形城
③杉山城

と行った所でしょうか。次点に菅谷館、川越城になるのかなと思います。