前置きしますが、日本に『軍師』という役職はありません。実際に存在したのは陰陽道の影響を受けた占星術、易などの占術を学び、合戦における縁起担ぎを取り計らう『軍配者』であったと言われてる。※興味がある方がいらっしゃいましたら（丸山和洋『戦国時代に軍師はいたのか？』歴史読本2013年4月号）を読んでいただけると詳しく書いてあります。
が、敢えて挙げるなら太田道灌（資長:すけなが）でしょうか。武将であり、学者としても一流だったそうです。江戸城を築城したのは有名ですね。※それでも、正確には『軍学者』でしょうか。