佐竹は常陸北部に勢力を築いた清和源氏である。
新羅二郎義光を祖とし、その孫にあたる昌義の時代に久慈郡佐竹郷・太田郷周辺を本拠としたことからこの名を名乗った。北関東に古くから地盤を持つ一族で、南北朝の合戦において活躍したことで大きく勢力を伸ばした。
その後は1世紀にもわたって内乱が続いた。ようやく統一に成功した後は、戦国時代の動乱の中で周辺の中小勢力を糾合し、北関東に覇を唱えたが、南の後北条家・北の伊達家という強敵に挟まれ、立ち回りに苦労することになった。
豊臣政権においては石田三成との関係が深く、厚遇されたものの、関ヶ原の戦いでは一転してつらい立場に追い込まれる。
時の当主・義宣は、三成が対立する武断派7将による襲撃を受けた際には自ら救援に赴くなど、親三成派として行動していた。江戸を中心に関東を広く領する徳川家の、その頭をちょうど抑える北関東の約55万石は家康にとっての脅威であり、三成にとっての重要な味方であった。
しかし関ヶ原の戦いにおいて、義宣は西軍には付かなかった。かといって東軍に味方すると宣言することもなく、どちらに味方するともはっきりさせないまま、兵を進めたのである。この間、義宣は家康やその子・秀忠のもとへ使者を派遣するなど東軍側への働きかけを行っているが、一方で「三成および上杉景勝との密約があり、機会を見て東軍を挟み撃ちにするつもりだった」とも言い、その真意がどこにあったのかははっきりしない。佐竹家があやふやな中立姿勢をとり続けたままで、関ヶ原の戦いは終わってしまったからだ。
この判断は、少なくとも佐竹家自身にとっては「最悪ではなかった」といえる。戦後、優柔不断な態度を責められ、減封のうえ出羽へ飛ばされはしたものの、改易は免れたからだ。常陸1国54万5千8百石から出羽国の秋田(久保田)18万石(後に20万5千8百石)への転封ということで許された。ちなみに、「秋田」は明治に入って改名されたものであり、本来は「久保田」藩が正しいが、知名度からこちらで通す。
しかし、全体の歴史から見ると話が変わってくる。もし、関ヶ原の戦いにおいて義宣が明確に西軍に付き、関東を脅かしていたら――その後の展開がどうなったかはわからない。西軍が勝利していた可能性も十分にある。義宣はその可能性を自ら摘み取ってしまったのである。
支藩は2つ。2代・義隆の庶長子・義寘の子である義都は宗家から蔵米を与えられる形で久保田新田藩1万石の大名となったが、これはわずか2代で消滅、宗家に吸収された。
また、同じく義隆の4男である義長はやはり宗家から蔵米2万石を与えられて大名となり、これがやがて岩崎藩・佐竹家となって幕末まで続いた。
秋田藩佐竹家の7代・義明の代に「佐竹騒動」と呼ばれる大きなお家騒動があった。その背景には、ふたつの事情がある。
ひとつは、秋田藩の財政窮乏である。この藩には東北最大の院内銀山・阿仁金山(のちに銅山)があり、さらに特産品として秋田杉があったので、初期は財政が大変豊かであった。
しかし、やがて資源が枯渇していくと、蔵米制への移行があまり行われず、地方知行が基本であったことともあわせて、財政的に追い詰められていく。そこで義明は銀札(藩札の1種)の発行によって財政の健全化を狙ったが、むしろインフレを引き起こし、藩財政にさらなるダメージを与える結果に終わった。
そこにもうひとつの問題である藩主一門の対立が重なった。佐竹家の分家筋の出身である先代の義真は若くして急死し、毒殺の疑惑があったことが背景にあったようだ。
このふたつの問題が重なる形で秋田藩内部は紛糾し、最終的に義明が銀札支持者たちに失敗の責任を取らせて大量処分することで事件は収束に向かったのだった。
義明の跡を継いだ8代・義敦は、財政再建に奔走しながらも果たせなかった。しかし、平賀源内から洋画を学んで「秋田蘭画」の一派をつくることになった洋画家小野田直武のパトロンとなり、自身も洋画家となるとともに日本初の洋画論を著し、文化面では名を残した。
続く9代・義和は米沢藩の上杉鷹山らと並んでこの時期の東北地方における代表的な名君のひとりであり、各種の改革を進めた。
幕末の動乱においては、当初は奥羽越列藩同盟に参加したものの、やがて新政府側に呼応し、これを裏切る形となった(もともと参加していなかったとも)。これは藩内の意見が尊王か佐幕かでおおいに揺れたせいだが、最終的には尊王で意見が統一された。
仙台・盛岡・鶴岡といった同盟側の諸藩に激しく攻撃されたものの持ちこたえ、新政府側の援軍が到着すると戦況は逆転、秋田藩はその戦功を高く評価されることになった。