清和源氏の源頼光を祖とする多田氏の一族で、摂津に勢力を持った。
同じ流れに尾張中川氏があり、こちらは斯波・織田に仕えたのち、徳川家臣となり、旗本として江戸時代に入っている。
中川清秀の時、織田信長に臣従していた荒木村重の有力家臣となっていたが、村重が信長に謀反した際には織田家に臣従。本能寺の変後は羽柴(豊臣)秀吉に従ったが、賤ヶ岳の戦いで討ち死にしている。その跡を継いだ秀政も秀吉の家臣として各地を転戦して戦功をあげたが、朝鮮出兵で討ち死にした。そこで弟の秀成が跡を継ぎ、豊後国7万4百石の大名となった。
関ヶ原の戦いにおいては東軍側に付いた。西軍側による偽装工作――中川家の軍旗を使って反徳川方工作を行う――で苦境に立たされるも、西軍側と戦うことで疑いを晴らし、所領はそのまま安堵された。
初期の名君として3代・久清の名前が挙がる。彼は岡山藩の藩政改革で活躍した学者・熊沢蕃山を招くなど、新しい思想・技術への関心の強い人物で、藩政の確立に尽力した。
また、相次ぐ天災などによって、他藩と同じく財政の困窮が進んだ江戸時代後期には8代・久貞が立って、3度にわたる藩政改革を断行している。
10代・久貴の時にも専売制度の実施など財政改革を行っているが、この際には大規模な農民一揆が巻き起こったため、改革を推進した重臣が罷免されるとともに農民の要求の一部を呑むことになった。
幕末期には豊後国における尊王運動の先駆け的存在となったが、藩主の12代・久昭は津藩・藤堂家から養子に入った人物であり、実家の影響から佐幕論者だった。そのため、藩の要職から尊王攘夷派よりの7人が追放される「七人衆の変」が起きている。
戊辰戦争には新政府の召集に応じて兵を派遣したものの、これが遅れたので罰金が科せられることになったが、結局回避されている。