宇多源氏を称する佐々木一族の一つ。京都の京極高辻にあった屋敷からこの名を使うようになった。
本来は庶流にあたるが室町幕府で勢力を伸ばし、ついには侍所の長官を務める四職家の一つにまで出世した。しかしその後は衰退、本来家臣であった浅井氏に勢力を奪われてしまった。
京極高次のとき、織田信長のもとで活躍したが、本能寺の変では明智光秀の要請にこたえて挙兵、羽柴(豊臣)秀吉の長浜城を攻撃したせいで、秀吉に追われる身となってしまった。ところが、その後に高次の妹・松の丸殿が秀吉の側室となったおかげで許され、また正室として常高院(秀吉の側室・淀殿および徳川秀忠の正室・崇源院の姉妹)を迎えたこともあって豊臣政権下で出世、近江国大津という琵琶湖を使った水上交通の重要拠点に6万石を与えられた。
このような事情から、高次を「ホタル大名」などと椰楡する向きもある。女の尻の光で出世した、という意味だ。自分の力で出世したという自負のある戦国大名たちはやっかみをこめてこう呼んだのだろう。しかし、これは生き残りという視点で見ればむしろ賢明な行動であったのだ。
秀吉の死後は家康に接近し、関ヶ原の戦いには東軍に付いて大津城に籠もって戦い、敗れて降伏せざるを得なくなったものの、戦後に家康に召しだされて戦功を高く評価され、若狭国小浜に8万5千石(翌年に加増されて9万2千石)を与えられた。
2代・忠高は出雲・隠岐に26万4千2百石を与えられ、石見銀山を預けられるほどだったのだが、後継者のいないままに亡くなってしまった。藩側は甥の高和を末期養子として立て、幕府は「いったん断絶して播磨国龍野6万石で再興」という裁定を下し、名族・京極家は存続を許されることになった。その後、高和の代で丸亀藩6万石となって、以後幕末まで続くことになる。
しかし、4代・高豊が家名断絶を防ぐための予防処置として庶子・高通に1万石を遺言で分け与えて讃岐国多度津藩・京極家を成立させており、この事件のインパクトはかなり大きかったと思われる。
また、高次の弟・高知も関ヶ原の戦いで活躍して丹後国12万3千2百石を与えられて宮津藩・京極家を立ち上げ、うち7万8千2百石を宮津藩として嫡男・高広に継承させ、残りはその弟たちに分け与えた。ところが、高広は民衆に対する暴虐な振る舞いが目立ち、それを改めようとした嫡男・高国も二の轍を踏んで、悪政を敷いた。そこで父・高広は息子の振る舞いを幕府に訴えて次男を擁立しようとしたのだが、幕府によって改易され、断絶となってしまったのである。ただ、この血筋はのちに高家となって存続し、また高広の弟たちはそれぞれ但馬国豊岡藩。京極家3万5千石と丹後国峯山藩・京極家1万3千石として明治まで残っている。
丸亀藩史上で名君として名高いのは8代・高朗で、藩士・領民への教育の充実や藩士ヘの団扇の製造の奨励(現在も全国一の生産高であるという)、また丸亀港を発展させておおいに賑わしたことなどが知られている。幕末期には9代・朗徹のもとで安政年間に藩政改革が行われ、また明治に入って高松藩が朝敵となると、多度津藩とともに出兵している。