古くは長田家を名乗り、家康の父・松平広忠の代から松平家に仕えた。
初代・直勝は、長田が源義家を殺した家号であることから、家康に改名を命じられ、永井を名乗るようになった。徳川家の譜代の武将として活躍し、「小牧・長久手の戦い」では池田恒興の首を上げる戦功(この功をゆずり合った安藤直次との友情譚あり)を立てる。その後、「大坂の陣」に際して大坂城に入り、豊臣秀頼の動向を家康に伝えた。
直勝は上野国小幡藩1万石に始まり、常陸国笠間藩3万石、下総国古河藩7万2千石と永井家を豊かにさせる。2代・尚政は2代将軍・秀忠の腹心として老中にも任命され、山城国淀藩10万石を得た。しかし、4代・尚長は内藤忠勝に刺殺され、所領は没収となる。永井家は家名のみ相続し、大和国新庄藩1万石から出直した(「新庄永井家」と呼ぶのは直圓以降)。
新庄藩では藩政に努め、1863年(文久3年)、陣屋を新庄から櫛羅に移して櫛羅藩と改め、明治維新を迎えた。13代・直哉が版籍奉還を経て櫛羅藩知事に任命され、後に子爵位を授けられている。