朽木家は室町幕府将軍の奉公衆を務めた一族で、足利義昭と織田信長に従って戦国時代を乗り越えた。信長の死後は豊臣秀吉に従い、「関ヶ原の戦い」では西軍に属していたが、家康との密約から東軍に寝返り、大谷吉継の軍勢を撃破した。
徳川家のもとでは所領が朽木元綱の3人の息子に分割されたことから旗本となった。長男と次男の家は幕末まで旗本として続いたが、長男の子の高通は京極家の養子として丹後国峰山藩の大名になっている。
朽木元綱の3男でこの家の初代・稙綱は3代将軍・家光の小姓組番頭を務め、下野国鹿沼藩2万5千石から常陸国土浦藩3万石へと封じられた。その後、奏者番を経て六人衆に選任されている。
2代・稙昌のとき、丹波国福知山藩3万2千石に転封される。
6代・玄綱が家督をゆずるとき、実子ではなく朽木家正統の綱貞が相続した。8代には玄綱の子の舗綱が就いたため、以降、玄綱と綱貞の血統が交互に藩主となる事態が続く。
戊辰戦争では新政府軍に恭順の意を示したが、直前に福知山藩士と薩摩藩士とが衝突した事件があったために疑われ、事件の責任者を処罰してことなきを得た。
14代・為綱が版籍奉還を経て福知山藩知事に任命され、その嫡男の綱貞が後に子爵位を授けられている。綱貞はさらに後、陸軍少将となった。